Původním farním kostelem strahovské farnosti byl kostel sv. Rocha, zbudovaný nejprve jako votivní kostel na poděkování za odvrácení morové epidemie na počátku 17. století. V roce 1662 přikázal opat Vincenc Makarius Franck obyvatelům Pohořelce, aby křty a poslední pomazání vyžadovali pouze od strahovských premonstrátů a velikonoční zpověď aby vykonávali u sv. Rocha. Do kostela byla obstarána křtitelnice, zpovědnice, lavice a svítilny. Od roku 1660 jsou zachovány matriky (seznam dochovaných matrik strahovské farnosti lze najít na http://www.ahmp.cz/matriky/hradcany/klaster.html).

V rámci církevních reforem Josefa II. (vládl 1780-1790) byla řada klášterních kostelů (včetně zrušených) změněna na kostely farní. V souvislosti se zavedením nového bohoslužebného řádu pro Prahu vyhlášeného v dubnu 1784 byl 14. dubna 1784 z nařízení českého gubernia a pražské konzistoře prohlášen farním kostelem namísto kostela sv. Rocha klášterní kostel Nanebevzetí Panny Marie a farnost se měla nazývat strahovskou farností. Zaujímala nejen okolí Strahova, ale i rozsáhlou příměstskou oblast: Střešovice, Šárku, Nebušice. Protože podle císařova dalšího nařízení měli pražští faráři vykonávat duchovní správu jenom uvnitř městských hradeb, byla 21. října 1785 zřízena lokálie u kostela sv. Jana Nepomuckého v Šárce s vlastním kaplanem.

Kvůli rostoucí hustotě osídlení a zvětšujícímu se počtu farníků přestala velká farnost vyhovovat a 14. března 1858 povolilo ministerstvo kultu po dohodě s pražskou konzistoří povýšení šárecké lokálie na farnost (některé prameny uvádějí rok 1857 jako rok faktického zřízení), jejímž patronem byl strahovský opat. V roce 1886 byl pro novou farnost vybudován kostel sv. Cyrila a Metoděje v Nebušicích. Po oddělení šárecké (později nebušické) farnosti fungovala strahovská farnost ve svých hranicích normálně až do roku 1950, přičemž jako faráři byli samozřejmě ustanovováni strahovští premonstráti. Od roku 1937 jím byl P. Prokop Pittermann. Po násilném odvozu a internaci řeholníků v noci z 13. na 14. dubna 1950 sice strahovským farářem formálně zůstal (až do roku 1964), ale jako duchovní správci tu působili jiní kněží, ustanovovaní prostřednictvím konzistoře. Díky částečnému uvolnění politické situace se stal v roce 1968 farářem další člen rozehnané komunity P. Bernard Mokrý, který tu působil do roku 1986.

Komunistický režim sice znemožnil řeholním institucím jakoukoli činnost, ale fakticky je nezrušil; zvolil pomalejší cestu řízené personální i majetkové likvidace. Správu řádového majetku vykonávala Náboženská matice, která jej protiprávně převáděla na jiné právní subjekty. Kostel Nanebevzetí Panny Marie tak byl v listopadu 1960 převeden darovací smlouvou z vlastnictví Královské kanonie premonstrátů na Strahově do vlastnictví strahovské farnosti, která se z téhož titulu stala vlastníkem dalších církevních budov v blízkém okolí (o rok dříve např. kostela sv. Benedikta u kláštera karmelitek na Hradčanech). Tato opatření mohla být napravena až po roce 1989.

Veřejně se premonstráti mohli vrátit do strahovské farnosti až v roce 1990. Krátce nato, 6. listopadu 1991, povýšil papež Jan Pavel II. strahovský kostel na basiliku minor.